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研究所的前身为中国科学院长沙农业现代化研究所，是中国科学院专门从事亚热带生态环境与区域农业研究的研究机构，系第三世界科学院-联合国教科文组织（TWAS-UNESCO）会员计划优秀研究中心成员。
研究所主要研究方向为：农业生态系统格局与过程调控、畜牧健康养殖与农牧系统调控技术、作物耐逆境分子生态学机理及其品种选育。包括亚热带区域农业生态系统格局与发展模式、农业生态系统物质循环调控，作物耐逆境的分子生态学机理、耐逆境杂种优势利用与品种选育、集约型养猪业产品健康与环境安全，亚热带农牧系统草食畜牧业健康养殖等创新研究内容。根据主要研究方向设置了三个研究中心，拥有中国科学院亚热带农业生态过程重点实验室和中国科学院与湖南省共建的农业生态工程重点实验室。
分别在湖南桃源、广西环江、湖南岳阳和湖南长沙部署了4个生态试验站，其中，桃源农业生态站、环江喀斯特生态站为国家级台站和中国生态系统研究网络站（CERN），洞庭湖湿地生态站为中国生态系统研究网络站（CERN），长沙农业环境站为新建的台站。
研究所为硕士研究生提供1500元/月的奖助学金，为博士研究生提供2700元/月的奖助学金，招收的研究生均为中国科学院公费，多年来研究生就业率均为100%。研究所导师队伍强大，课题经费充足，科研设施完善，工作条件优越，研究生公寓条件舒适。硕士研究生基础课在中国科学院大学（北京）完成，博士研究生公共学位课在中国科学院广州教育基地完成。
招生专业：生态学、动物营养与饲料科学学术型硕士点；环境工程专业学位硕士点。
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